Ustalenia dokonane podczas kontroli inspektor spisuje w protokole, który omawia z pracodawcą. Jeżeli pracodawca, osoba lub organ reprezentujący pracodawcę nie zgadzają się z ustaleniami w nim zawartymi, mają prawo przed jego podpisaniem zgłosić umotywowane zastrzeżenia. Mogą one dotyczyć np. błędów w ustaleniach faktycznych czy tez przeoczenia niektórych dokumentów. Zastrzeżenia powinny zostać zgłoszone na piśmie, w terminie 7 dni od dnia przedstawienia protokołu. Pracodawca nie musi podpisać protokołu. Nie stanowi to jednak przeszkody do podjęcia przez inspektora przewidzianych w ustawie skutków prawnych wynikających z ustaleń protokołu.
Środkiem prawnym najczęściej stosowanym przez inspektorów pracy na skutek kontroli jest nakaz. Nakaz jest decyzją administracyjną wydawaną przez inspektora pracy w przypadku stwierdzenia, iż warunki pracy w zakładzie stwarzają zagrożenie dla życia lub zdrowia zatrudnionych w nim pracowników bądź naruszono przepisy i zasady bhp, nie wykonano badań i pomiarów czynników szkodliwych i uciążliwych w środowisku pracy mimo takiego obowiązku lub gdy jest to konieczne, nie ustalono okoliczności i przyczyn wypadku przy pracy, nie umieszczono pracowników w ewidencji pracowników wykonujących pracę w szczególnych warunkach lub o szczególnym charakterze, a także gdy pracownikom nie zostały wypłacone należne wynagrodzenia lub inne świadczenia ze stosunku pracy.