W praktyce bardzo często występują problemy z odróżnieniem instytucji potrącenia od odliczenia nadpłaconego wynagrodzenia.
Z odliczeniem mamy do czynienia w sytuacji, gdy pracodawca wypłacił wynagrodzenie w pełnej wysokości, a pracownik z powodu nieobecności w pracy, za którą nie zachowuje prawa do wynagrodzenia powinien faktycznie otrzymać obniżone wynagrodzenie. Taka sytuacja najczęściej będzie miała miejsce w przypadku, gdy pracownik otrzymuje wynagrodzenie za pracę z góry. Przeważnie wynagrodzenie jest wypłacane z dołu, za wykonaną już pracę, jednakże liczną grupą zawodową, która nadal otrzymuje pensje z góry są nauczyciele. Ponadto konieczność odliczenia od wynagrodzenia nadpłaconej kwoty może wystąpić w przypadku choroby pracownika, czy korzystania z urlopu bezpłatnego po wypłacie pensji za dany miesiąc.
Należy podkreślić, że dla dopuszczalności odliczenia nie ma znaczenia przyczyna, z powodu której pracownik nie świadczył pracy. Odliczenia nie można jednakże stosować do nadpłaconego wynagrodzenia w wyniku błędu pracodawcy. W takich przypadkach, możliwe jest jedynie potrącenie odpowiedniej kwoty za zgodą pracownika, a w razie jej braku pozostaje dochodzenie zwrotu nadpłaty na drodze sądowej z tytułu bezpodstawnego wzbogacenia pracownika.
W przeciwieństwie do potrącenia, odliczenie nadpłaconego wynagrodzenia nie jest ograniczone kwotowo ani procentowo. W praktyce może dojść do sytuacji, gdy pracownikowi zostanie odliczone nawet całe wynagrodzenie – co nie może mieć miejsca w przypadku potrąceń.
Przede wszystkim należy pamiętać, że odliczenia można dokonać jedynie w najbliższym okresie płatności, licząc od momentu powstania nadpłaty. W takim wypadku pracodawca samodzielnie obniża pracownikowi jego kolejne wynagrodzenie, nie będąc zobowiązanym do uzyskania jego zgody. Jeżeli pracodawca nie zdąży z odliczeniem nadpłaconego wynagrodzenia w najbliższym terminie płatności, wówczas może dokonać potrącenia jedynie za zgodą pracownika, bądź dochodzić zwrotu na drodze procesu cywilnego.