Etap rokowań kończy się podpisaniem porozumienia lub protokołu rozbieżności. W przypadku nieosiągnięcia porozumienia przez strony związek zawodowy może podjąć decyzję o kontynuacji sporu bądź jego zawieszeniu. Jeżeli spór ma być kontynuowany koniecznym jest podpisanie protokołu rozbieżności kończącego I etap sporu. Jest bowiem warunkiem przejścia do etapu kolejnego, tj. mediacji.
Mediacja jest drugim etapem sporu. Prowadzona jest tylko wtedy, gdy strona która wszczęła spór podtrzymuje swoje żądania. Tak więc to związek zawodowy decyduje, czy kontynuuje spór. Może bowiem go w każdym momencie zakończyć, nawet bez osiągnięcia porozumienia, ale może też go zawiesić nie rozpoczynając kolejnego etapu.
Mediacja tym różni się od rokowań, że w konflikt włącza się podmiot trzeci, który jest niezależny od związków zawodowych, jak i pracodawcy.
Powinien dawać gwarancje bezstronności i budzić zaufanie u stron sporu. Mediator sam wybiera sposób i metodę prowadzenia negocjacji. Powinien podjąć wszelkie działania w celu ustalenia stanu faktycznego i prawnego oraz faktów spornych między stronami. Powinien zajmować w trakcie sporu pozycje aktywną. Do niego należy wszelka inicjatywa w rozwiązaniu konfliktu. Należy jednak pamiętać, że nie pełni roli arbitra, sędziego. Nie podejmuje decyzji władczych. Jego rola ogranicza się do przewodniczenia mediacji. Powinien kierować mediacjami poszukując cały czas płaszczyzny porozumienia. Może proponować skorzystania z ekspertyz, dodatkowych ustaleń, w tym w zakresie sytuacji ekonomiczno-finansowej zakładu pracy. Bardzo często przygotowuje projekt wstępnego porozumienia.
Mediator może być wyznaczony w drodze porozumienia stron lub przez ministra właściwego do spraw pracy, jeżeli strony w ciągu 5 dni od zakończenia rokowań nie osiągną porozumienia co do osoby mediatora.
Minister właściwy do spraw pracy prowadzi listę mediatorów w uzgodnieniu z organizacjami związkowymi oraz organizacjami pracodawców. W przypadku wyboru mediatora w drodze porozumienia, strony mogą ale nie muszą korzystać z tej listy. Jeżeli mediatora wskazuje minister to obowiązkowo z ww. listy. W przypadku wyboru mediatora w drodze porozumienia strony zawsze mogą dokonać jego zmiany, w szczególności gdy nie są zadowolone z technik mediacyjnych. Nie mogą jednak zmienić mediatora wskazanego przez ministra.
Usługi mediatora są odpłatne. Jeżeli w umowie o mediację strony nie odniosą się do kwestii wynagrodzenia mediatora, jego wysokość zostanie ustalona na podstawie rozporządzenia wykonawczego do ustawy.
Koszty postępowania mediacyjnego strony ponoszą po połowie, o ile inaczej się nie umówiły. Ustawa daje możliwość zwrócenia się przez strony do ministra z wnioskiem o pokrycie kosztów postępowania mediacyjnego w sytuacji, gdy strony nie mają środków na ich pokrycie. W wnioskiem takim może zwrócić się każda ze stron, na każdym etapie postępowania, nie koniecznie po zakończeniu mediacji. Wniosek taki powinien być uzasadniony i udokumentowany. Należy pamiętać, że w takim przypadku wynagrodzenie mediatora może zostać pokryte przez ministra tylko do limitu wynikającego z rozporządzenia. W sytuacji, gdy na podstawie porozumienia mediacyjnego mediatorowi przysługuje wynagrodzenie wyższe, różnicy może dochodzić na drodze postępowania sądowego.
Ustawa nie wprowadza ograniczeń czasowych w prowadzeniu mediacji. O zakończeniu tego ostatniego obligatoryjnego etapu decydują strony podpisując porozumienie lub protokół rozbieżności w przypadku jego braku.
Mediator uczestniczy i przy zawieraniu porozumienia i przy podpisywaniu protokołu rozbieżności jako trzecia strona mediacji. Może podpisać dokumenty, ale też można poprzestać jedynie na wymieniu mediatora, przy udziale którego mediacje się toczyły.
Podpisanie protokołu rozbieżności otwiera związkom zawodowym drogę do strajku. Jednak przed podjęciem strajku związek zawodowy może jeszcze złożyć wniosek o wszczęcie procedury rozwiązania sporu przed kolegium arbitrażu społecznego. W takiej sytuacji będziemy mieli do czynienia z trzecim etapem sporu.